Die vier Turtles Leonardo, Raphael, Michelangelo und Donatello leben in einem Abwasserkanal unterhalb von Manhattan. Dort trainiert sie der Ninjitsu-Experte Master Splinter in der Kampfkunst. Die Mutanten scheuen die Öffentlichkeit, weil sich die meisten Menschen vor ihnen fürchten. Doch als das Böse die Stadt immer mehr zerstört, setzen die Vier ihre Fähigkeiten ein, um die Menschheit zu beschützen.