In einer stürmischen Nacht zieht die Crew eines italienischen Fischerbootes einen halbtoten Mann aus dem Wasser. Trotz der zwei Kugeln in seinem Rücken erholt er sich schnell, kann sich aber an nichts mehr erinnern, nicht mal an seinen eigenen Namen. Dafür beherrscht er mehrere Sprachen und andere Fertigkeiten, die ihn selbst verblüffen. Ein geheimnisvolles Laserimplantat in seiner Hüfte ist der einzige Hinweis auf seine Identität.

Den Nachstellungen ehemaliger Feinde und Freunde entkommen, lässt der unter komplexem Gedächtnisverlust leidende CIA-Killer Jason Bourne (Matt Damon) mit Freundin Marie (Franka Potente) unter indischer Sonne die Seele baumeln. Die Idylle ist nur von kurzer Dauer, haben sich doch sowohl sein russischer Erzfeind als auch seine alte Chefin, geschworen, ihn nicht ungestraft davon kommen zu lassen. Jason seinerseits hat es bald satt, wegzulaufen, und dreht den Spieß unter Verwendung seiner reichen Instinktpalette kurzerhand um.

Matt Damon kehrt als Ein-Mann-Eliteeinheit Jason Bourne auf die Leinwand zurück und stellt sich in diesem dritten Kapitel der Bourne-Saga endgültig den Rätseln seiner Vergangenheit.

Jason Bourne war nur der Beginn. Threadstone wurde öffentlich, aber das Programm der CIA hat noch bessere Ergebnisse hervor gebracht. Aaron Cross, ein neuer Kandidat, wurde zu einer Kampfmaschine ohne die Komplikationen von Bourne, und die CIA hat wieder einiges zu tun.

Jason Bourne kann sich an alles erinnern und weiß jetzt, was er zu tun hat.